手持式X熒光光譜儀在用于現場測量時，總會有一些因素會造成誤差，影響測量的效果，但這些因素其實可以避免，下面我們來談談怎樣正確使用手持式X熒光光譜儀，避免現場測量誤差。
? ? ? ?在現場測量中，巖石表面凹凸不平，巖石的結構也不同，不均勻，手持式X熒光光譜儀的探頭放置在上面時，同位素源于巖礦表面距離往往不能與標準測量時完全相同。這種距離的變化只要毫米數量級就會引起較大的誤差，特別在測量輕元素，中等元素時（如P,S,Ti,Cu,Fe,Zn,Cr,Mo等），因此，進行現場測量時要選擇巖石露頭比較平坦的新鮮表面，對于極不平坦的巖石露頭，應該人工加以整平，力求做到與標準測量條件相同。
? ? ? ?在測量方法上，手持式X熒光光譜儀應在原來位置多次重新安放探頭，并相應測出數據，取其平均值，可以達到與制作標準曲線時的測量條件基本一致。因為這種因巖石表面不平整產生的誤差屬于偶然誤差范疇，只要有足夠多次的變位測量，其偶然誤差的平均值將趨于零。